16 Bioconductor
Bioconductor คือกลุ่มของ Open-source package ที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลประเภท Bioinformatics ที่ครอบคลุมหลากหลายมากที่สุดใน R ซึ่งจุดเด่นหลักของ Bioconductor นั้นคือการวิเคราะห์ข้อมูลประเภท High-throughout technology เช่น
SummarizedExperiment, Biobase สำหรับการเก็บข้อมูล
limma สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล RNA microarray, RNA-seq, Proteomics
maftools สำหรับ สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล Genomics
clusterProfiler สำหรับ Functional analysis
ComplexHeatmap, EnhancedVolcano, PCAtools สำหรับ Visualization
และอื่นๆ อีกมากสามารถดูได้ที่ https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/
การติดตั้ง package ต่างๆ จาก Bioconductor ลงใน R นั้น จำเป็นเรียกจากชุดติดตั้งของ Bioconductor โดยเฉพาะ ชื่อว่า BiocManager
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) # ตรวจสอบว่ามีติดตั้งไว้แล้วหรือไม่
install.packages("BiocManager")หลังจากนั้น จะสามารถติดตั้ง package ได้โดยการเรียกชุดติดตั้ง BiocManager เช่น
BiocManager::install("limma")จะทำการติดตั้ง package limma ลงใน R ซึ่งหลังจากนั้นสามารถใช้คำสั่ง library เรียกได้ตามปกติ