5 Importing data
5.1 Importing data with readr
ก่อนที่ท่านจะทำการวิเคราะห์ข้อมูลได้นั้น ท่านจำเป็นที่จะต้องนำข้อมูลเข้ามาใน R ให้ได้ก่อน ซึ่ง tidyverse ได้มี Package สำหรับการนำข้อมูลจากสกุลไฟล์ที่เป็นที่นิยมส่วนใหญ่เข้าสู่ R ได้เกือบทั้งหมด โดยใช้ฟังก์ชัน read_*()
library(readr) # ต้อง run ทุกครั้งที่จะใช้งาน
GSE63514 <- read_csv("Resource/GSE63514_norm.csv")
head(GSE63514, 10) ไฟล์ที่ได้อ่านเข้ามานี้ คือ Gene expression ของ RNA microarray ในชิ้นเนื้อผู้ป่วยมะเร็งปากมดลูก ซึ่งจะถูกนำไปใช้ต่อใน ตัวอย่างท้ายบท
5.2 Other packages
ท่านสามารถเขียนข้อมูลจาก R ลงไปในไฟล์ที่ท่านต้องการด้วย write_()* อีกด้วย อย่างไรก็ตาม แม้ว่า readr นั้นจะสามารถอ่านและเขียนไฟล์ได้ครอบคลุมเป็นอย่างมาก ในบางสกุลไฟล์นั้น อาจจะต้องใช้การอ่านจาก package อื่น
| Extension | Read | Write | Package |
|---|---|---|---|
| .csv (comma-separated), .csv (semicolon-separated) |
read_csv() , read_csv2()
|
write_csv(), write_csv2()
|
readr |
| .tsv | read_tsv() |
write_tsv() |
readr |
| .txt | read_delim() |
write_delim() |
readr |
| text table | read_table() |
write_table() |
readr |
| .xlsx, .xls |
read_excel() , read.xlsx()
|
-, write.xlsx(), write.xlsx2() (large DF) |
readxl , xlsx
|
| googlesheet url | read_sheet() |
write_sheet() |
googlesheets4 |
| .sas | read_sas() |
write_sas() |
haven |
| .sav (SPSS) | read_sav() |
write_sav() |
haven |
| .dta (STATA) | read_dta() |
write_dta() |
haven |
| .json | read_json() |
write_json() |
jsonlite |
| Very large file/No idea | fread() |
fwrite() |
data.table |